在工程竣工结算价款中，应扣除的款项主要包括以下几项：
预付款：
在工程进展过程中，发包方会预先支付一部分款项给承包方，这部分款项在工程竣工结算时需要扣除。
质量保证金：
为了保证工程质量，发包方通常会在工程竣工结算时扣除一定比例的质量保证金。
工程量变更增加的预算：
如果在施工过程中出现了工程量的变更，需要根据变更情况进行预算调整，这部分调整数额也需要在工程竣工结算时进行扣除。
合同价款调整数额：
由于各种原因（如材料价格波动、工程量变更等），合同价款可能需要进行相应的调整，这部分调整数额在工程竣工结算时也需要扣除。
甲供材料的价款：
在工程结算时，甲供材料的价款通常需要从总造价中扣除，因为这部分费用实际上是由甲方承担的。
误计入报价清单的费用：
如果甲供材料或其他费用被误计入报价清单内，这部分费用在结算时应当被扣除，因为它并不构成乙方实际应得的工程款。
其他应扣除款项：
根据具体情况和合同约定，还可能存在其他需要扣除的款项，例如员工欠公司的借款、罚款、应交未交的工具等物品的赔偿金、抵押金、培训服务期未满应补偿的费用、工服费用等。
综上所述，工程竣工结算价款中应扣除的款项主要包括预付款、质量保证金、工程量变更增加的预算、合同价款调整数额、甲供材料的价款、误计入报价清单的费用以及其他根据具体情况和合同约定应扣除的款项。
