商铺的税率较高主要有以下几个原因：
商业性质与住宅性质的差异
商铺属于商业性质，而住宅属于居住性质。商业性质的税费通常高于住宅性质，包括土地增值税、契税、增值税、个人所得税等。这些税种在征收标准和税率上都有明显的不同，导致商业性质的税费负担更重。
较高的流转税率
商贸行业作为资本密集型产业，其增值税税率为13%，而与之相关的物流、运输等行业的增值税税率为9%，信息技术服务等现代服务行业的税率为6%。这种税率差异使得商贸企业在经营过程中需要承担更高的税负。
缺乏税收优惠政策
商贸行业的经营手段相对复杂，涉及多个行业，但很多普遍适用的税收优惠政策如高新技术、小微企业等并不适用于商贸行业。这使得商贸企业在税收方面缺乏有效的减免措施，进一步增加了税负。
重复纳税的风险
商贸行业在经营过程中，由于供应链的复杂性和市场波动的影响，可能会面临上游无法提供发票的情况，导致无法进行增值税抵扣。这种情况下，企业需要承担更多的税负，并且由于增值税链条的不完整性，容易发生重复纳税的现象。
综上所述，商铺的税率较高主要是由于其商业性质、较高的流转税率、缺乏税收优惠政策以及重复纳税的风险等多方面因素共同作用的结果。
